En 2003 establece su primera Clínica de Fisioterapia, Osteopatía y Pilates. Es en Córdoba, y tiene dos principios fundamentales:

• Dar una atención absolutamente personalizada al paciente, con un seguimiento y compromiso máximos.
• Ser una Clínica enfocada a lo privado, para conseguir así la calidad en los tratamientos y huir de todo lo protocolario y generalizado.

Es la primera Clínica en Córdoba donde se imparte el Método Pilates e inmediatamente se convirtió en un gran éxito. Se realizaron allí los prestigiosos cursos de STOTT PILATES para Nuevos Monitores de toda la comunidad de Andalucía.

Tras cinco años, Manuel Aguirre vuelve como osteopata a Madrid con una experiencia ganada, dónde abre una nueva Clínica en el Barrio de Chamartín con la intención de seguir propocionando la calidad y los principios que le distinguen. Así nace la clínica de fisioterapia en Madrid la Clínica Aguirre.